Robert Huber est également né en Bavière, à Munich, le 20 février 1937.

Après des études secondaires et supérieures dans sa ville natale, il est nommé en 1963 Directeur de Recherche à l'Université Technologique de Munich. Il entre en 1972 à l'Institut Max Planck de Martinsried, où travaillait déjà Deisenhofer, et il y occupe les fonctions de chef de division en biochimie.

Quatre ans plus tard, il se voit offrir une chaire de professeur à l'Université Technologique de Munich, poste qu'il cumule, à partir de 1987, avec celui de Directeur de l'Institut Max Planck de Martinsried.